南投縣最初為臺灣臺中地方法院檢察署所管轄，至民國71年07月始設有臨時辦公室。即「臺灣臺中地方法院檢察署南投檢察官辦公室」，之後鑑於南投轄區遼闊，案件日增，有必要獨自成立新司法機關，於是由臺灣臺中地方法院檢察署籌建司法新廈，當時檢察長為王炳輝先生。大廈完成後，由第一任檢察長陳聰明先生擔任台灣南投地方法院檢察署籌備會主任委員，遂於民國83年07月成立「臺灣南投地方法院檢察署」，址設：南投市中興路757號，並自同年08月01日起受理案件。立法院會於107年5月8日三讀通過增訂法院組織法第114條之2，地方法院檢察署改稱地方檢察署，故本署在107年5月25日更名為臺灣南投地方檢察署。本署迄今歷經15位檢察長：第一任陳聰明檢察長、第二任朱 楠檢察長、第三任林朝陽檢察長、第四任陳雲南檢察長、第五任陳榮宗檢察長、第六任施良波檢察長、第七任楊治宇檢察長、第八任朱兆民檢察長、第九任朱坤茂檢察長，第十任林邦樑檢察長，第十一任為楊秀蘭檢察長，第十二任為毛有增檢察長，第十三任為張曉雯檢察長，第十四任為張云綺檢察長，現任為黃元冠檢察長。